盐城师范学院有6个省“十三五”重点建设学科，分别是：

中国语言文学、数学、生物工程、马克思主义理论、教育学、应用经济学。

校级“十三五”重点学科的建设按照“重中之重”学科、“重点学科”和“重点扶持学科”三个层次设置，采取“攀登计划”、“提升计划”和“振兴计划”等重大战略措施，遴选了：

3个重中之重学科：

教师教育、生物工程、应用经济学，其中生物工程、应用经济学为重中之重培育学科；

5个重点学科：

计算机科学与技术、生物医学工程、新能源科学与工程、环境工程、城乡规划学等；

4个重点扶持学科：

公共管理、体育学、美术学、音乐与舞蹈学。